自杀，居室和尸身一并被焚毁。杨应龙之子杨朝栋与女婿马千驷等人，都被生擒。马千乘仍袭土司之位。

此次平乱，秦良玉、马千乘夫妇“为南川路战功第一”，“女将军”的称号开始传扬，此时秦良玉年仅26岁。也许是因为弟弟马千驷也参与叛乱的缘故，秦良玉夫妇对平播之功非常低调，夫妇二人仍回石砫本分生活。万历三十一年（1603年）十一月，川贵总督王象乾上书朝廷对秦良玉夫妇大加赞赏，称其功大却不言功，“何其勇且顺也”。 天启帝得知实情深为感动，即御赐“忠义可嘉”匾额，以旌其功。良玉携匾率部返回石砫，将匾悬于帅忠堂上，以显荣耀。

十年后，万历四十一年（1613年）八月，秦良玉丈夫马千乘冤死于云阳狱中。官方的说辞是，石砫部民状告马千乘，明廷才把他逮捕下狱。其实真实的原因是，马千乘因开矿一事得罪了太监邱乘云，邱乘云是万历皇帝派出的监税太监，他到石砫后向马千乘索贿，马千乘自恃于朝廷有功，没有理睬。碰了一鼻子灰的邱公公大怒，指使手下捏造罪名，把马土司逮捕入狱，活活折磨而死，马千乘时年仅41岁。