守台儿庄，并先后设立四支由淮军精锐组成的“游击之师”，共有战马八千匹，以骑敌骑，追击捻军。这样，就使东捻军陷入危殆的处境：它虽然突破了胶莱防线，但仍被困于黄河、运河、六塘河、大海之间的狭窄地带，“以走制敌”的特长无法施展，屡屡受挫。十一月任化邦在苏北赣榆战败被杀。十二月东捻军在寿光海滨一战折损三万余人，精锐丧失殆尽。1868年1月，赖文光虽然率余部突过六塘河，但孤危之中受伤被俘，在扬州被害。

1868年5月，李鸿章主持实施了“划河圈地”“且防且剿”战略，使清军在直东战场取得战略主动。捻军试图突破清军河防不果，而在包围圈内又无法摆脱清军围追堵截，只好被动地奔突，最后进入山东北部。李鸿章不失时机地“缩地围扎”，在马颊河与徒骇河布防，把捻军压迫在其间的高唐、商河、惠民一带的狭长地带，并配合地方当局“查圩”，致使捻军陷入绝境。八月张宗禹率部突围，南下到达山东茌平境内，不料徒骇河水陡涨，猝遇清军阻击，全军覆没，张宗禹不知去向。东捻军最终被李鸿章镇压下去。剿捻行动的成功表明了李鸿章战略指导的正确性。

清廷论剿捻功，李鸿章赫然居首，赏加太子太保衔，并荣升协办大学士。