奏折——《遵议日本通商事宜片》，在此折后面提及了日本今后可能对中国的威胁：“日本近在肘腋，永为中土之患。闻该国自与西人订约，广购机器兵船，仿制枪炮铁路，又派人往西国学习各色技业，其志固欲自强以御侮，究之距中国近而西国远，笼络之或为我用，拒绝之则必为我仇。”但他相信通商可以“侦探彼族动静，而设法联络牵制之，可冀消弭后患，永远相安”。

当时，在清政府眼中，日本就是个“蕞尔小国”而已，对日本，李鸿章虽然在心底里也有轻视的态度，但总体上，他对日本还是给予充分重视的。

由于准备对日谈判，李鸿章更加注意日本情况。在1871年4月9日给总理衙门的信中表示“东洋与中土最近，既议通商，稍有不慎易滋后患”。

李鸿章此时对于日本对朝鲜的野心已有认识，所以想以条约形式加以遏制。《修好条约》第一条规定：“嗣后大清国、大日本国倍敦和谊，与天壤无穷。即两国所属邦土，亦各以礼相待，不可稍有侵越，俾获永久安全。”“所属邦土”，即指中国藩属国，实指朝鲜。对于朝鲜，李鸿章在给朝鲜的一封长信中畅谈了他对朝鲜处境、东亚形势的看法和应该奉行的外交方针。他认为日本居心叵测，行为乖谬，恃强诈力，以鲸吞蚕食为谋，应及早设法防范。朝鲜在做军事准备的同时，还应做外交努力，“似宜用以毒攻毒以敌制敌之策”，与欧美各国立约以牵制日本。而在对朝廷的奏折中，对于对国际形势一无所知的朝鲜能否采用此策，李鸿章表达了自己的忧虑。由于朝鲜不熟悉“洋情”，突然与洋人相处可能会发生种种冲突，“应由中国随时随事妥为调处”。后来的事实证明李鸿章的这种担心确有道理。